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超階層生物学センター・トランスオミクス解析室は、遺伝子・タンパク質解析の共同利用研究拠点として、基礎生物学研究所および生理学研究所の分析機器の管理・運用を行っています。
超階層生物学センター・トランスオミクス解析室は、遺伝子・タンパク質解析の共同利用研究拠点として、基礎生物学研究所および生理学研究所の分析機器の管理・運用を行っています。
汎用機器から次世代 DNA シーケンサーや質量分析装置などの先端機器に至るまで、約 70 種類 100 台にのぼる機器を備え、その多くは所外の研究者も利用可能です。
汎用機器から次世代 DNA シーケンサーや質量分析装置などの先端機器に至るまで、約 70 種類 100 台にのぼる機器を備え、その多くは所外の研究者も利用可能です。
The Trans-Omics Facility at the Trans-Scale Biology Center serves as a joint research hub for gene and protein analysis, managing and operating advanced analytical instruments for the National Institute for Basic Biology (NIBB) and the National Institute for Physiological Sciences (NIPS).
The Trans-Omics Facility at the Trans-Scale Biology Center serves as a joint research hub for gene and protein analysis, managing and operating advanced analytical instruments for the National Institute for Basic Biology (NIBB) and the National Institute for Physiological Sciences (NIPS).
With a diverse range of approximately 70 instruments, from general-purpose equipment to cutting-edge technologies like next-generation DNA sequencers and mass spectrometers, the facility supports research both within and beyond the institutes.
With a diverse range of approximately 70 instruments, from general-purpose equipment to cutting-edge technologies like next-generation DNA sequencers and mass spectrometers, the facility supports research both within and beyond the institutes.
Many of these instruments are accessible to external researchers, fostering collaborative scientific discovery.
Many of these instruments are accessible to external researchers, fostering collaborative scientific discovery.
新着情報 What's New
新着情報 What's New
【2025年4月9日】プレスリリース：マウスの遺伝子解析を行う大規模基盤モデルの開発に成功 ーデータ変換によるヒトの疾病予測や創薬への応用も可能にー
【2025年4月9日】プレスリリース：マウスの遺伝子解析を行う大規模基盤モデルの開発に成功 ーデータ変換によるヒトの疾病予測や創薬への応用も可能にー
中部大学 藤吉弘亘教授らとの統合ゲノミクス共同利用研究の一環として行われた、マウス版の大規模基盤モデル「Mouse-Geneformer」開発の成果が、2025年3月19日付けで遺伝学の国際誌「PLOS Genetics」にオンライン公開されました。
中部大学 藤吉弘亘教授らとの統合ゲノミクス共同利用研究の一環として行われた、マウス版の大規模基盤モデル「Mouse-Geneformer」開発の成果が、2025年3月19日付けで遺伝学の国際誌「PLOS Genetics」にオンライン公開されました。
トランスオミクス解析室は、遺伝子発現データ解析に貢献しました。（下線が当室メンバー。）
トランスオミクス解析室は、遺伝子発現データ解析に貢献しました。（下線が当室メンバー。）
Ito, K., Hirakawa, T., Shigenobu, S., Fujiyoshi, H., & Yamashita, T. (2025). Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility. PLoS genetics, 21(3), e1011420. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1011420
Ito, K., Hirakawa, T., Shigenobu, S., Fujiyoshi, H., & Yamashita, T. (2025). Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility. PLoS genetics, 21(3), e1011420. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1011420
【2025年4月9日】プレスリリース：雌雄異株から雌雄同株への進化に伴う性染色体の運命とは ーコケ植物の有性生殖システム転換における染色体再編成の解明ー
【2025年4月9日】プレスリリース：雌雄異株から雌雄同株への進化に伴う性染色体の運命とは ーコケ植物の有性生殖システム転換における染色体再編成の解明ー
京都大学 安居佑季子准教授らとの統合ゲノミクス共同利用研究の一環として行われた、コケ植物苔（タイ）類の雌雄同株アカゼニゴケのゲノム解析の成果が、2025年4月2日付けで国際誌「Cell Reports」にオンライン公開されました。
京都大学 安居佑季子准教授らとの統合ゲノミクス共同利用研究の一環として行われた、コケ植物苔（タイ）類の雌雄同株アカゼニゴケのゲノム解析の成果が、2025年4月2日付けで国際誌「Cell Reports」にオンライン公開されました。
トランスオミクス解析室は、ゲノム解析に貢献しました。（下線が当室メンバー。）
トランスオミクス解析室は、ゲノム解析に貢献しました。（下線が当室メンバー。）
Potente, G., Yasui, Y., Shimokawa, E., Jenkins, J., Walstead, R. N., Grimwood, J., Schmutz, J., Leebens-Mack, J., Bruna, T., Kaur, N., Lee, R., Zama, S., Tanaka, T., Umeya, Y., Kawamura, S., Yamato, K. T., Yamaguchi, K., Shigenobu, S., Shimamura, M., Kohchi, T., … Szövényi, P. (2025). Insights into convergent evolution of cosexuality in liverworts from the Marchantia quadrata genome. Cell Reports, 44(4), 115503. Advance online publication. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2025.115503
Potente, G., Yasui, Y., Shimokawa, E., Jenkins, J., Walstead, R. N., Grimwood, J., Schmutz, J., Leebens-Mack, J., Bruna, T., Kaur, N., Lee, R., Zama, S., Tanaka, T., Umeya, Y., Kawamura, S., Yamato, K. T., Yamaguchi, K., Shigenobu, S., Shimamura, M., Kohchi, T., … Szövényi, P. (2025). Insights into convergent evolution of cosexuality in liverworts from the Marchantia quadrata genome. Cell Reports, 44(4), 115503. Advance online publication. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2025.115503
【2025年4月1日】中野技術職員の着任
【2025年4月1日】中野技術職員の着任
4月1日付けで、中野朱莉技術職員が着任しました。
4月1日付けで、中野朱莉技術職員が着任しました。
【2025年2月26日】山口技術職員が生物学技術研究会にて功績賞を受賞しました！
【2025年2月26日】山口技術職員が生物学技術研究会にて功績賞を受賞しました！
2025年2月20-21日に開催された第36回生物学技術研究会にて、当室の山口技術職員（写真右）が功績賞を受賞しました。この賞は、優れた生物学実験技術に関する長年の功績とこれまでの研鑽を表彰するものです！
2025年2月20-21日に開催された第36回生物学技術研究会にて、当室の山口技術職員（写真右）が功績賞を受賞しました。この賞は、優れた生物学実験技術に関する長年の功績とこれまでの研鑽を表彰するものです！
【2025年2月19日】論文が掲載されました！
【2025年2月19日】論文が掲載されました！
植物ホルモンシグナル伝達に関するマルチオミクス解析の成果が Theoretical and Experimental Plant Physiology 誌に掲載されました。
植物ホルモンシグナル伝達に関するマルチオミクス解析の成果が Theoretical and Experimental Plant Physiology 誌に掲載されました。
Yoshida, T., Fernie, A.R.
Yoshida, T., Fernie, A.R.
The protein phosphatases of abscisic acid coreceptors mediate carbon metabolism in Arabidopsis. Theor. Exp. Plant Physiol. 37, 15 (2025).
The protein phosphatases of abscisic acid coreceptors mediate carbon metabolism in Arabidopsis. Theor. Exp. Plant Physiol. 37, 15 (2025).
【2025年2月3日】新しいホームページを公開しました！
【2025年2月3日】新しいホームページを公開しました！
【2024年11月14日】森林総合研究所 上野真義チーム長らとの統合ゲノミクス共同利用研究のスギに関係する成果が BMC Genomics 誌に掲載されました。
【2024年11月14日】森林総合研究所 上野真義チーム長らとの統合ゲノミクス共同利用研究のスギに関係する成果が BMC Genomics 誌に掲載されました。
森林総合研究所 上野真義チーム長らとの共同利用研究の一環として行われた、スギゲノムの染色体スケールのアセンブル関する論文が、11月5日付で BMC Genomics 誌に掲載されました。
森林総合研究所 上野真義チーム長らとの共同利用研究の一環として行われた、スギゲノムの染色体スケールのアセンブル関する論文が、11月5日付で BMC Genomics 誌に掲載されました。
トランスオミクス解析室は、NGS解析に貢献しました。（下線が当室メンバー。両名[†マーク]が共同筆頭著者として同等に貢献しました。）
トランスオミクス解析室は、NGS解析に貢献しました。（下線が当室メンバー。両名[†マーク]が共同筆頭著者として同等に貢献しました。）
Fujino, T.†, Yamaguchi, K.†, Yokoyama, T. T., Hamanaka, T., Harazono, Y., Kamada, H., Kobayashi, W., Ujino-Ihara, T., Uchiyama, K., Matsumoto, A., Izuno, A., Tsumura, Y., Toyoda, A., Shigenobu, S., Moriguchi, Y., Ueno, S., & Kasahara, M. (2024).
A chromosome-level genome assembly of a model conifer plant, the Japanese cedar, Cryptomeria japonica D. Don.
BMC genomics, 25(1), 1039. https://doi.org/10.1186/s12864-024-10929-4
Fujino, T.†, Yamaguchi, K.†, Yokoyama, T. T., Hamanaka, T., Harazono, Y., Kamada, H., Kobayashi, W., Ujino-Ihara, T., Uchiyama, K., Matsumoto, A., Izuno, A., Tsumura, Y., Toyoda, A., Shigenobu, S., Moriguchi, Y., Ueno, S., & Kasahara, M. (2024).
A chromosome-level genome assembly of a model conifer plant, the Japanese cedar, Cryptomeria japonica D. Don.
BMC genomics, 25(1), 1039. https://doi.org/10.1186/s12864-024-10929-4
この共同利用研究課題に関しては、ここまで長い時間を費やし技術的な検討を進めてきました。下に、当室での技術面での貢献をまとめました。
この共同利用研究課題に関しては、ここまで長い時間を費やし技術的な検討を進めてきました。下に、当室での技術面での貢献をまとめました。
今では染色体スケールの全ゲノム配列決定は論文として頻繁に見られるものになり、手法の技術的な新規性や独自性の価値が減少し、より汎用化が進みました。しかしこのプジェクトが始まった2016年の時点ではまだ知見は極めて少なく、試行錯誤を積み重ね、技術的な部分は2021年辺りに確立させました。Hi-Cの結果に関して、”綺麗でない”データを最初からの結論ありきで、染色体数を決定したとするような論文も見られますが、この contact map は紛れもなく染色体数11本だ、と断定できるでしょう。
今では染色体スケールの全ゲノム配列決定は論文として頻繁に見られるものになり、手法の技術的な新規性や独自性の価値が減少し、より汎用化が進みました。しかしこのプジェクトが始まった2016年の時点ではまだ知見は極めて少なく、試行錯誤を積み重ね、技術的な部分は2021年辺りに確立させました。Hi-Cの結果に関して、”綺麗でない”データを最初からの結論ありきで、染色体数を決定したとするような論文も見られますが、この contact map は紛れもなく染色体数11本だ、と断定できるでしょう。
【2024年10月1日】若月 技術支援員の着任
【2024年10月1日】若月 技術支援員の着任
10月1日付けで、若月 幸子 技術支援員が着任しました。
10月1日付けで、若月 幸子 技術支援員が着任しました。
【2024年4月1日】職員の退職
【2024年4月1日】職員の退職
3月31日付けで、市川 真理子 事務支援員と秋田 朝日 技術支援員が退職しました。
3月31日付けで、市川 真理子 事務支援員と秋田 朝日 技術支援員が退職しました。
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